Már a rajt hatalmas meglepetést hozott, hiszen a két Renault fantasztikusan indulva előre tört, így Heidfeld feljött a második helyre. Alonso, Webber és Rosberg pedig durván visszaestek a középmezőnybe.
A 12. körben szemeregni kezdett az eső, ám nagyban nem befolyásolta a verseny alakulását. A Lotus Renault remek kezdése után a kerékcseréket többször is elrontotta a csapat, így mindkét pilóta a pontszerző helyek végére sodródott.
A következő igazán izgalmas szituáció a 45. körben következett, amikor is a két világbajnok, Alonso és Hamilton körökön keresztül gyűrte egymást a a dobogó legalsó fokáért.
Alonso azonban egy éles kanyarban belecsúszott Hamilton jobb hátsó kerekébe, így a spanyolnak vezetőszárnyat kellett cserélnie, és ezzel visszaesett a hetedik helyre, Hamilton pedig lelassult, s így az ő dobogós álmainak is befellegzett.
Ezzel Nick Heidfeld visszakerült az élmezőnybe, s az utolsó körig keményen küzdve megszerezte a harmadik helyet. Petrov az utolsó előtti körben lecsúszott az ideális ívről, kocsija a magasba repült, miközben visszatért a pályára, ezért a kormány kimozdult a helyéről, autója pedig irányíthatatlanná vált, így fel kellett adnia a versenyt.
Vettel ismét bizonyította fölényét, senkitől sem zavartatava nyerte meg az idény második futamát. Csapattársa, Webber a KERS meghibásodása miatt nem tudott Vettel nyomába érni. A futam igazi vesztes csapata a Mercedes, hiszen egyik pilótájuk sem ért célba pontszerző helyen.
Maláj Nagydíj, végeredmény: 1. Sebastian Vettel, 2. Jenson Button, 3. Nick Heidfeld, 4. Mark Webber, 5. Felipe Massa, 6. Fernando Alonso